Jak se kontigy sestavují do lešení?

2024 Autor: Miles Stephen | [email protected]. Naposledy změněno: 2023-12-15 23:34

Při vytváření návrhu genomu jsou na prvním místě jednotlivá čtení DNA sestavené do kontigů , které z povahy jejich shromáždění , mají mezi sebou mezery. Dalším krokem je na pak překlenout mezery mezi nimi přiléhá k vytvořit lešení . To lze provést buď pomocí optického mapování nebo sekvenování párů.

Podobně se můžete ptát, co jsou kontigy a lešení?

A lešení je část genomové sekvence rekonstruované z end-sekvenovaných celogenomových brokovnicových klonů. Lešení jsou složeny z kontigy a mezery. A contig je souvislá délka genomové sekvence, ve které je pořadí bází známo s vysokou úrovní spolehlivosti. V některých případech, lešení se může překrývat.

Co je to contigs v bioinformatice? A contig (od sousedícího) je soubor překrývajících se segmentů DNA, které dohromady představují konsenzuální oblast DNA. Contigs může tedy odkazovat jak na překrývající se sekvenci DNA, tak na překrývající se fyzické segmenty (fragmenty) obsažené v klonech v závislosti na kontextu.

Jak se v tomto ohledu kontigy sestavují?

Soubor překrývající se sekvence DNA fragmentů DNA je známý jako a contig . Contig mapování je proces, při kterém se klony překrývají sestaven sekvenovat, že se překrývají. To zahrnuje uspořádání kontigy v pořádku a orientaci. Klonovat kontigy může být automaticky sestaven pomocí jejich BAC-endových sekvencí.

Proč jsou kontigy důležité?

Contig montáž je an Důležité krok v sestavení genomu. Pro mapování jsou překrývající se klony sestaveny do sekvence, která se překrývá. Každý fragment je klonován do vektoru a sekvenován z obou konců za vzniku sekvence o délce přibližně 600–700 bp. Sekvence z obou konců fragmentu DNA se nazývá párový konec.